Willkommen in Madagascar! Alex der Löwe ist der König des Dschungels im New Yorker Central Park Zoo. Alex und seine besten Freunde Marty das Zebra, Melman die Giraffe und Gloria das Nilpferd, haben ihr ganzes Leben dort verbracht, mit regelmäßig gelieferten Mahlzeiten und einem staunenden Publikum. Marty ist trotzallem unzufrieden und flüchtet mit der Hilfe einiger Pinguine, um die wirkliche Welt zu erkunden. Alex, Melman und Gloria machen sich auf, um ihm zu folgen, doch sie werden gefangen und auf ein Schiff in Richtung Afrika gebracht… um dort in die Freiheit entlassen zu werden.
Doch die Pinguine sabotieren das Schiff und Alex, Marty, Melman und Gloria werden auf der exotischen Insel Madagascar an Land geschwemmt. Nun müssen sich die gebürtigen New Yorker alleine in der Wildnis des echten Dschungels durchschlagen. Viel Spass!